El Instituto de Arqueología con sede en Mérida es una institución de titularidad mixta (CSIC, Junta de Extremadura y Consorcio de la Ciudad Monumental de Mérida). Por ello tiene una triple vertiente investigadora: por un lado el estudio arqueológico de la ciudad de Mérida y su conjunto monumental, por otro un carácter regional enfocado a la Comunidad Autónoma de Extremadura, y por último un enfoque nacional e internacional en tanto en cuanto se trata de la única institución dependiente del CSIC que se encarga exclusivamente de la ciencia arqueológica. El Instituto se divide a su vez en dos líneas de investigación, Arqueología del Territorio y Arqueología de los Espacios Políticos.